Ubuntu based Family Medicine

100bpm

2009-11-26T01:06:00.000+09:00

心臓マッサージのリズム

2009-11-26T01:02:00.001+09:00

R言語で学びたいことの覚書を呟く

2009-11-18T01:47:00.005+09:00

テキストマイニング
フィールド疫学と空間疫学
ネットワーク分析

まずは、こことかここのRに関する投稿の振り返りから始めるとするか。

マイ・ディストリの開発のメモ

2009-10-31T02:18:00.005+09:00

Mozilla Firefox3
ブックマーク
　　Connotea　http://www.connotea.org/cloud
　　PubMed　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
　　WONCA　http://www.globalfamilydoctor.com/
　　日本プライマリ・ケア学会　http://www.primary-care.or.jp/
　　日本家庭医療学会　http://jafm.org/
　　日本総合診療医学会　http://www.jsgm.org/
スマートブックマーク
　　厚生省新着情報
　　UMIN新着情報
検索プラグイン
　　PubMed
　　添付文書
　　英辞郎
　アドオン
　　R Site Search http://addictedtor.free.fr/rsitesearch/
　　PubConn 　http://www.connotea.org/wiki/PubConn
　　Pubmed2Connotea　http://lindenb.integragen.com/pubmed2connotea/
　　Entity Describer　http://www.entitydescriber.org/
　　Greasemonkey　http://www.greasespot.net/
　　gDocsBar　http://www.gdocsbar.com/

Lyx
　プレゼン、年賀状など。

R＋Rcmdr　http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/
ゲーム
　　囲碁　gnugo+quarry
　　将棋　GPSshogi+将棋所　http://shogiubuntu.blog60.fc2.com/blog-entry-28.html

文献管理ソフト
　　Mendeley

Androidとの連携
　Podcasts
　　NEJM　http://content.nejm.org/misc/podcast.dtl
　　JAMA　http://jama.ama-assn.org/misc/audiocommentary.dtl
　　The Lancet　http://www.thelancet.com/audio
　　BMJ　http://podcasts.bmj.com/bmj/feed/
　　Annals　http://media.acponline.org/feeds/annals.xml

DICOMビューア　＊使用感を試して絞る。
　　Aeskulap　http://www.nongnu.org/aeskulap/
　　Kradview　http://www.orcero.org/irbis/kradview/
　　openDICOM.NET　http://opendicom.sourceforge.net/

その他
　emacs
　zsh
　screen
　dropbox
　データベース

家庭医療関連リンク一覧

2009-08-29T02:19:00.002+09:00

久しぶりの投稿が、メモ風リストってのも気が引けますが、

Ubuntuとの関わり

2009-08-01T22:38:00.003+09:00

自作PCにUbuntu Ultimate Editionを入れてから、Giverがデフォルトで入ってるくらいだから、あまり足すものもなくて、カスタマイズにかける情熱が失せてしまっている。HT-03Aを購入してそちらにかける時間が増えたせいとか、Chrome OSの開発が公表されてLXDEベースのオリジナルOSを作る意欲が削がれてしまったせいとかもあるのだけれど。それはそれでUbuntu自体が手を加えなくても充分実用になるってことを意味するわけだから、喜ばしいことである。
　今後は、Ubuntuをいじることよりも、Ubuntuで何がしかの成果を生むそんな段階に入っていかなければならないような気がしている。

Google OSを予想してみる

2009-07-23T00:14:00.003+09:00

実は、PCユーザの大半は、OSとブラウザの違いを知らなかったりする。それでOSとブラウザをシームレスにしようというアイディアは過去にもあった。例えば、アップルのCyberDogやマイクロソフトのWindows＋IEなど。それらが頓挫して、三度目の正直、GoogleがどんなOSを見せてくれるのか、ワクワクしている。Google Chrome＋Android環境＋LAMP＋Python＋JAVA＋…素人の私があれこれ詮索しても始まらないのだが。
　Openbox＋Google Chromeあたりで、疑似体験できるのかな？

Android前夜

2009-07-09T23:47:00.002+09:00

次にようなニュースが舞い込んだ。

一年後、Chrome OSとどのようなコラボレートができるようになっているのか楽しみです。

Tomboyの後継？　Gnote

2009-06-29T13:45:00.002+09:00

monoのプラットフォームを捨てて、C++でコードを書き直したもののようです。端末から、下記のコマンドを打ってインストールできます。Dropboxとの合わせ技が便利。

echo "deb http://ppa.launchpad.net/gnote/ppa/ubuntu jaunty main" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/gnote.list
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 5AAB5553
sudo apt-get update
sudo apt-get install gnote

gPodderとiPodの同期

2009-06-22T13:52:00.004+09:00

今までがこれが出来なくて色々とプレーヤを物色していましたが、synapticからpython-pymadとpython-eyed3というモジュールをインストールすればいいだけの話だったみたい。これでNEJMのポッドキャストを持ち出して旅のお供に出来ます。

ubuntuのブラウザ三国志

2009-06-17T23:31:00.005+09:00

Mozilla Firefox 3.5 (Shiretoko)：　何て言っても豊富なアドオンが魅力、UbuntuにおけるIEですもんね。コードネームが北海道の地名ってのがいいね。
Opera Unite：　ブラウザを使って自分のパソコンをサーバーにできる。
Google Chrome：　シンプルなインターフェイスとGoogleが開発ということでの将来性。

　日本語のフォントの美しさは、Firefoxが抜きん出てます。使用感、体感速度はおいおい使い比べてみてから。

Google Squared

2009-06-05T01:00:00.004+09:00

　"Google Squared"ってサービスが出て、学生時代の表の暗記を思い出した次第です。画像のキャプチャは、PixlrというFirefoxのアドオンを使用しました。画像処理サービスPixlrと連携できるのが、便利。

AndroidとUbuntu

2009-05-28T01:10:00.002+09:00

AuでソニーエリクソンあたりからAndoroid携帯の発表を期待していたのですが、この夏はDocomoのHT-03Aのみのようですね。発売されたら、Docomoに出戻りの予定。Ubuntu 9.10では、AndroidExecutionEnvironmentが標準で搭載されるようですしね。

Carpe diem: "tint"の時間表示

2009-05-25T18:35:00.001+09:00

直接エディターで/home/name/.config/tint/tintrcを編集してやればいいのですが、そのときQuoVadisとかの欧米の手帳風に第何週とか今年の何日目とかの表示もできます。そのパラメータ一覧は下記の通り。

日
%j 　3 桁で先頭にゼロを含む年間での日付
週
%U 　指定した年の週番号。最初の日曜日を第一週の開始日とする
%V　 ISO-8601:1988 で規定された、指定した年の週番号。週の開始日は月曜日で、第 1 週は少なくとも 4 日はあることになる 01 から 53
%W 　その年の週番号の数値表現。最初の月曜日を最初の週の初日とする

「Rによる」と「Rで学ぶ」データサイエンス

2009-05-24T19:04:00.006+09:00

　この本をさらに充実した「Rで学ぶデータサイエンス（全8巻）」の発行予定日がAmazonにあったので、目次といっしょにアップしときます。

1.カテゴリカルデータ解析(2010年2月刊行予定)

カテゴリカルデータの取り扱い
カテゴリカルデータの集計とグラフ表示
比率に関する分析
２元分割表の解析
３元分割表の解析
ロジスティック回帰分析
ポアソン回帰分析
対数線形モデルによる解析
対応分析
樹形モデル
数量化の諸方法

2.多次元データ解析法(2009年9月刊行予定)

統計学の基礎
Rの基礎
線形回帰モデル
判別分析
ロジスティック回帰モデル
主成分分析法
対応分析法
因子分析法
正準相関分析法
多次元尺度法
クラスター分析法

3.ベイズ統計データ解析(2010年1月刊行予定)

ベイズ統計解析の基本
回帰モデルに関するベイズ推測
複雑なモデルのための計算法
MCMC法
階層的なベイズモデル
判別分析とパターン認識
状態空間モデルによるベイズ解析
トレンドの推定と季節調整
時変係数ARモデル
時変係数VARモデル
非ガウス型モデル
ヒューマンインタフェースにおけるデータ解析の事例
動的生産関数解析の事例

4.ブートストラップ入門(2010年1月刊行予定)

Rの使用準備とデータ解析の基礎
ブートストラップ法の概説
信頼区間の構成
仮説検定
回帰分析
時系列データ解析
効率的リサンプリング法

5.パターン認識(2010年2月刊行予定)

はじめに
判別分析
ロジスティック回帰
k-近傍法
密度推定
k-平均法
階層的クラスタリング
判別能力の評価
混合正規モデル
学習ベクトル量子化
サポートベクトルマシン
ミニマックス確率マシン
ブースティング
2値判別から多値判別へ

6.マシンラーニング(2009年6月刊行予定)

序論
重回帰
ノンパラメトリック回帰
Fisherの判別分析
一般化加法モデル(GAM)による判別
樹形モデルとMARS
ニューラルネットワーク
サポートベクターマシン(SVM)
生存時間解析

7.空間データ解析(2009年9月刊行予定)

地理空間データ
地理空間データの可視化
地理空間分布パターン
ネットワーク分析
地理空間相関分析
立地分析

8.ネットワーク分析(2009年10月刊行予定)

ネットワークデータの入力
最短距離
ネットワーク構造の諸指標
中心性
ネットワーク構造の分析
ネットワークの類似性
ネットワーク指標の有意性検定
モチーフ
複雑ネットワーク
グラフ描画

PLOS One × Connotea, CiteULike

2009-05-23T00:55:00.004+09:00

　オープンジャーナルの老舗とも言えるPLOS Oneがオンライン文献管理サービスのCiteUlike、Connoteaといつの間にかコラボレーションしてました。

新型インフルエンザとQuantum GIS

2009-05-21T00:04:00.006+09:00

　まだ新型インフルエンザの症例が確認されていない札幌でも、マスクが店頭から消えてしまい、NEJMでも新型インフルエンザには力をいれているようで、新型インフルエンザマップが開設されました。私も便乗して、LXubuntuに、Quantum GISというオープンソースのGISソフトをインストールしてみました。下記のレポジトリを追加すればインストールできます。

deb http://ppa.launchpad.net/qgis/stable/ubuntu jaunty main
deb-src http://ppa.launchpad.net/qgis/stable/ubuntu jaunty main

Open PGP鍵は、こちらです。

　画像では、空間統計学用のパッケージmaptoolsをインストールしたRも起動させてみました。

LXDE: パネルをtintに

2009-05-17T01:49:00.003+09:00

　ここを参照して、tintとtrayerをインストールして、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartを下のようにしてみました。

@lxde-settings
@xscreensaver -no-splash
@tint
@trayer --expand true --transparent true --alpha 255 --edge bottom --align right --expand true --SetDockType true --widthtype request --margin 130)
@pcmanfm -d

ちょっと感傷的に

2009-05-08T00:53:00.000+09:00

タバコの煙が街角から消え、温暖化で吐く息が見えることが少なくなって、高まる見えないウイルスのリスク。危険なものは見えるようにしておいた方がいいという、一つの教訓。

テキストからマインドマップ

2009-05-07T00:27:00.002+09:00

オンラインで出きることはオンラインでと思い、探してみたらありました。テキストからマインドマップを作るサービス！名前もそのまんま、"Text2MindMap"、酔っ払った頭の体操にまたPrismアプリを作っちゃいました。Twitter風投稿ですね…

OpenDoc再来？　LXDEでPrism

2009-05-06T01:27:00.004+09:00

　ジョッブズが復帰する前のAppleが描いた絵は、こんな世界だったのだろうか？ネットのインフラが揃う前にOpenDocとかCyberDogとかというものをデザインしたAppleは、まるでギリシア人の直接の遺伝子を発現させたかのよう…

オフィス Google Docs http://docs.google.com/
文献管理 CiteULike http://www.citeulike.org/
画像エディタ Pixlr http://www.pixlr.com/
囲碁 Cosumi http://www.cosumi.net/

わざわざアプリ化しなくてもブックマークでいいんでないかい？、って気もするが。

「ライブCDの部屋」復活おめでとうございます…

2009-05-03T01:24:00.006+09:00

「ライブCDの部屋」が復活し、早速、私が今ハマっているLxubuntuの9.04を公開してくださってます！GWはずっと仕事なので、明けてからになりますが、これをベースにMyDistroを作ってみることにします。当面の課題は、

Firefox＋Greasemonkey＋WriteRoom for Google Docs
Prism＋Gdocs＋Appnr
OpenboxとConkyのカスタマイズ

あたりかな。Rによるネットワーク分析も等閑になってるけど。

　忌野清志郎さんを殺した煙草にも、よい効果があるという論文も…

"Nicotine-induced brain metabolism associated with anger provocation"

時代がヒステリックになっている要因に煙草が駆逐されつつある世相もあるのかもね。

LXDEのパネルをlxpanelからfbpanelに変更

2009-05-02T07:00:00.001+09:00

openboxのメニューからいろいろ出来るようになるとパネルが鬱陶しい。そこでパネルをlxpanelからautohideの機能があるfbpanelに変更してみた。

まず、/usr/share/fbpanel/に、ここをコピペしてdefaultファイルを設置する。
次に、/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartを編集して、"@lxpanel --profile LXDE"を"@fbpanel --profile default"とする。

これで再起動して、fbpanelのconfigureからGeneral > PropertiesのAutohideをチェックして、目的達成！

OpenboxでRSSリーダ

2009-05-01T14:05:00.006+09:00

　Openboxには、pipemenuという仕組みがあり、プラグインのように機能を拡張することが出来る。なかでもfeeder.pyというのはRSSフィードを読むことが出来て便利。手順は次の通り。

まず、python-feedparserをインストールしておく。シナプティックで可能。
その後、スクリプトを/usr/share/lxde/openbox/scripts/に保存する。
保存したスクリプトを開き、"User set variables"以下の設定部分で、購読フィードの名称とurlを記入、ブラウザとプレーヤを書き換える。
obmenuでaddボタンを押し、pipemenuを選び、タイトルは新着情報とかに、commandには/usr/share/lxde/openbox/scripts/feeder.pyとか記入して、保存。

　デスクトップで右クリックして、Openboxを立ち上げ、設定を再読込すると、OK。RSSフィードの数が多いと読み込み時間も長くなるので、２、３フィードが限界かな。

ObmenuでOpenBoxのカスタマイズ

2009-04-30T00:56:00.004+09:00

　最近は、Ubuntu 9.04のリリースに背を向けるように、LXDE/OpenBox環境をいじっている。何といっても、起動が速いし、アプリケーションもサクサク動く。特に、obmenuというOpenBoxのメニューを変更するGUIを知ってからは、Dock型ローンチャは止めてしまった。

sudo obmenu /usr/share/lxde/openbox/menu.xml

で簡単にメニューがGUIでカスタマイズできるようになる。私の環境では、直接日本語が通らないので、一度、ブラウザの検索窓に入力して、コピペするという面倒はあるが…

　OpenBoxについては、下記のサイトが参考になる。